W trakcie demontażu skrzydeł poliptyku okazało się niezbędne wykonanie zabezpieczenia osypującej się warstwy malarskiej. Skrzydła następnie spakowano do przygotowanych w tym celu skrzyń, przewieziono do pracowni konserwacji dzieł sztuki. Przez cały okres prac skrzydła przechowywano w specjalnie skonstruowanej komorze, gdzie ściśle kontrolowano warunki wilgotnościowe. Wilgotność regulowano w oparciu o ponad roczną obserwację warunków panujących w kościele. Umożliwiło to taki dobór parametrów, aby zminimalizować niebezpieczeństwo niekontrolowanej pracy drewna.

W kolejnym etapie prac usunięto wszystkie osypujące się wtórne kity i te, które zostały wykonane nieprawidłowo (zbyt nisko, bez opracowanej faktury). Uzupełniono ubytki warstwy zaprawy oraz opracowano fakturę nawiązując do zahowanego oryginału. Przy rekonstrukcji fragmentów odciskanego tła zastosowano odlewy oryginalnych partii. Uzupełniono ubytki warstwy malarskiej. Zrekonstruowano niezachowane ramy skrzydeł w oparciu o oryginalne zachowane (w innych ołtarzach Mistrza z Gościeszowic). Powtórzono dokładnie złocony profil rezygnując jednak z rekonstrukcji ornamenru (nie było 100% pewności co do tego, jak ornament wyglądął, pozostano przy rekostrukcji profilu, co do którego nie było wątpliwości). Z przyczyn technicznych, uwzględniając stan podobrazi zrezygnowano z wieszania wszystkich skrzydeł na zawiasach. Zminimalizuje to ilość otwierania i zamykania skrzydeł, zredukuje do minimum niepotrzebne przeciążenia związane z otwieraniem i zamykaniem.